Missing coverage evidence...
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ACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGT  >  minE/1176610‑1176671 |                                                              aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTgggg                          >  1:506413/1‑38 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTgggg                          >  1:21528/1‑38 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:816938/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:598717/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:642806/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:680822/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:682968/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:699658/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:708566/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:737803/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:752192/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:594624/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:851045/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:938190/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:942981/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:949529/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:963210/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:966895/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:990957/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:997921/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:325405/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:1119056/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:1152467/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:119923/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:126428/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:152077/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:169513/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:219466/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:224773/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:406097/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:464010/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:474130/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:538395/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:555105/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:557148/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAgtggtggt  >  1:592264/1‑62 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAg         >  1:81078/1‑55 (MQ=255) aCCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGAAGGTCAgtggtggt  >  1:1115199/1‑62 (MQ=255) |                                                              ACCTGTTCTTTATTTTCCTCGTACTGGTTGGTGTGGGGATTTGGATGCAGGTCAGTGGTGGT  >  minE/1176610‑1176671

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑