Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1226839	1227144	306	7 [0]	[0] 63	[pphA]	[pphA]

CCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAT  >  minE/1227145‑1227206 |                                                              ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATaa                            >  1:780229/1‑36 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAATCgt                     >  1:1151436/1‑43 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGaaa   >  1:225593/1‑61 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGaaa   >  1:537652/1‑61 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGaaa   >  1:814356/1‑61 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGaaa   >  1:867285/1‑61 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGaaa   >  1:306887/1‑61 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:632688/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:744200/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:739933/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:737775/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:654287/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:644970/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:807288/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:620996/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:615463/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:567175/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:500156/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:495872/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:75865/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:454027/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:81794/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:818312/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:822980/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:825215/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:846014/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:857333/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:904063/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:907869/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:908851/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:917971/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:919307/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:920651/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:199966/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1076248/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1076430/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1083166/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1102082/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1152817/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1175695/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:121638/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:123578/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:124965/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:159628/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:191030/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:195186/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:473350/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:250794/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:252883/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:279108/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:305404/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:31538/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:321160/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:328206/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:360592/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:395411/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:419061/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:420621/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:427192/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:1034230/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:465003/1‑62 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGTGAAAAATGGTCAATAAAAAGCgtgg                   >  1:1186954/1‑45 (MQ=255) ccAGGTTTTCCAGTTTGCGCGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAt  >  1:172700/1‑62 (MQ=255) |                                                              CCAGGTTTTCCAGTTTGCGTGCAAAATGGTCAATAAAAAGCGTGGTGGTCATCAGCTGAAAT  >  minE/1227145‑1227206

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑