Missing coverage evidence...
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AACCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGTTG  >  minE/1297584‑1297646 |                                                               aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:646840/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1038280/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:465282/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:466909/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:470143/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:476723/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:483503/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:503307/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:511772/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:575653/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:601896/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:449988/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:693119/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:739579/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:757572/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:826403/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:837735/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:84326/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:868576/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:927921/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:980826/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:2676/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1047831/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1054291/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1058413/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1130599/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1164235/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:1196626/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:148259/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:157834/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:434660/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:286528/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:310623/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:327124/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:330051/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:349917/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:368574/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:377723/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:431306/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:433017/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCAATTc                         >  1:969548/1‑40 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATCCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGt    >  1:579011/1‑61 (MQ=255) aaCCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGAGGTATGCCATTCAACCCCGGc                >  1:1158758/1‑49 (MQ=255) aaCCAGTACCGC‑TTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGTTg  >  1:131425/1‑62 (MQ=255) |                                                               AACCAGTACCGCTTTTTTGCCCACATGCGGTATGCCATTCAACCCCGGCATTCCTGCCAGTTG  >  minE/1297584‑1297646

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑