Missing coverage evidence...
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GTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGG  >  minE/1332104‑1332165 |                                                              gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:753257/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:39014/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:443922/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:462923/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:482665/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:490605/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:507665/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:665457/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:668948/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:719925/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:338229/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:817028/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:871066/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:880365/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:906641/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:964494/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:979911/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:990793/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:992151/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:144155/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1031792/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1037403/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1064738/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:107482/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1076622/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1121303/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:115812/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1170040/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:126965/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:1006752/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:204137/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:215695/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:233040/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:254988/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:261837/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:263930/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:294580/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACggtgg  <  1:332197/62‑1 (MQ=255) gTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACcgtgg  <  1:684803/62‑1 (MQ=255) |                                                              GTCGGCAATCAGCACCGCATCTTTGGTCTGCACCACTACCAGATCTTTCACCCCGACGGTGG  >  minE/1332104‑1332165

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑