Missing coverage evidence...
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CGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAATGTG  >  minE/1340518‑1340579 |                                                              cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtt  >  1:472235/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:729285/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:460186/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:463409/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:465808/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:472937/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:515882/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:530977/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:539581/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:718122/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:46045/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:750141/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:793467/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:800696/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:826204/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:851357/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:879081/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:903447/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:954575/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:243497/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:1022186/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:1055173/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:1057426/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:1121371/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:1175755/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:233670/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:237863/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:451435/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:309518/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:368197/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:441565/1‑62 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:306035/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:718296/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:24340/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:490111/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:417947/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:1035903/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgt   >  1:100360/1‑61 (MQ=255) cGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGACGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:383441/1‑62 (MQ=255) cGGATAGATCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAAtgtg  >  1:250579/1‑62 (MQ=255) |                                                              CGGATAGTTCTGATGGCTGACGCTCTCTTTGCCGCCTTTGCCGTAACCGTAGACAAAATGTG  >  minE/1340518‑1340579

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑