Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1448485	1448523	39	59 [0]	[0] 50	atoS	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC

GTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAT  >  minE/1448524‑1448584 |                                                             gttCGACAATACTTAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1038763/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGTATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:687930/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTTGAACATGGCACCGACCAt  <  1:251084/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:485587/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:439359/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:530788/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:534075/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:545967/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:55307/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:578251/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:662698/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:691346/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:711000/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:754502/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:768018/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:779636/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:808933/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:820766/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:836765/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:842874/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:87349/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:902250/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:935395/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:941768/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:974842/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:989266/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:255847/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1019302/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1030212/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1051079/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1078125/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1113314/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1154581/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1155996/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:124840/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:125243/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:185028/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:185065/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:1004635/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:263469/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:275129/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:287365/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:293880/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:32177/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:34422/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:360519/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:398692/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:40072/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:428627/61‑1 (MQ=255) gttCGACAATACTCAGTTCTACAGTCAAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAt  <  1:764408/61‑1 (MQ=255) |                                                             GTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATGGCACCGAACAT  >  minE/1448524‑1448584

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑