Missing coverage evidence...
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GTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACT  >  minE/1498345‑1498396 |                                                    gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:833502/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1015478/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:667232/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:713231/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:733654/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:761249/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:772977/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:780117/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:797718/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:811221/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:823348/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:651656/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:843970/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:851353/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:853915/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:867152/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:89736/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:934357/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:936606/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:938519/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:992801/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:996894/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:197827/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1023443/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1027306/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1033435/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1104163/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1109904/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1124062/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1124554/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:114190/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1180890/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:1198575/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:517803/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:26484/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:292257/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:323847/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:356049/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:412881/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:453164/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:45833/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:468596/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACt  <  1:503407/52‑1 (MQ=255) gTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTCGAGGCACt  <  1:677459/52‑1 (MQ=255) |                                                    GTCAGCGGGTGATCCGCTTTGAACGGGCCTTCCGGCATGTTGTTGAGGCACT  >  minE/1498345‑1498396

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑