Missing coverage evidence...
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CTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCA  >  minE/1512754‑1512814 |                                                             ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:648984/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1051687/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:485151/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:503934/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:52073/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:527749/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:581369/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:586211/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:603683/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:605100/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:613985/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:626439/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:631788/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:482382/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:693431/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:718049/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:743057/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:809658/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:835340/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:879972/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:910981/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:941902/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:96129/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:964185/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:968478/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:209206/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1071598/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1078469/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1100203/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1101082/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1127886/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1138244/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:1156249/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:135072/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:145995/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:153638/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:188290/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:477477/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:234693/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:25333/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:258254/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:300685/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:3426/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:35137/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:36811/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:3949/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:405575/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:4123/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:472328/61‑1 (MQ=255) ctcCATCGGGCCGATGCTCCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCa  <  1:937191/61‑1 (MQ=255) |                                                             CTCCATCGGGCCGATGCTGCAGGGTATGCGCAAGCCGGTTAACGACCTGTCCCGTGGCGCA  >  minE/1512754‑1512814

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑