Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1523757	1523855	99	19 [0]	[0] 65	flk	predicted flagella assembly protein

CAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGC  >  minE/1523856‑1523916 |                                                             cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATTACGc  >  1:281365/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGCCGc  >  1:837322/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACg   >  1:1157242/1‑60 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACg   >  1:231765/1‑60 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACg   >  1:124534/1‑60 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:68685/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:790097/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:773237/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:758342/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:709168/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:703557/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:691210/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:83701/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:644096/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:631144/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:580132/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:568435/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:51753/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:483064/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:465252/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:797378/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:811062/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1107743/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:838175/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:858589/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:866826/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:934354/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:935496/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:960985/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:971571/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:971789/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:978090/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:979770/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:981909/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:454056/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:103683/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1136811/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1140628/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1160655/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1168125/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1170756/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:1190598/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:127057/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:15043/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:182607/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:190962/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:239761/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:291766/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:305390/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:319036/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:319572/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:323580/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:348488/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:353077/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:364196/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:369942/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:378638/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:381687/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:423560/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:443242/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:446716/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:449252/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:463938/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCAACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:99717/1‑61 (MQ=255) cAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCAGACGCTGGAATCACTACAGATGACGc  >  1:880089/1‑61 (MQ=255) |                                                             CAGGCGCGTCAGACGCTAAGCCAGCAAAATACGCCGACGCTGGAATCACTACAGATGACGC  >  minE/1523856‑1523916

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑