Missing coverage evidence...
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GTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTT  >  minE/1539485‑1539546 |                                                              gTTTGTCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1147501/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACTGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1152991/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGactcca               >  1:1164324/1‑49 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:877068/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:49684/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:500704/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:608029/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:653960/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:669781/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:677366/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:705062/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:728876/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:823009/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:46827/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:902504/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:921865/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:9227/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:976109/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:991249/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:99876/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:153404/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1058324/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:108892/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1118222/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1133403/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1189249/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:478849/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:314427/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:32522/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:329665/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:384486/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:392570/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:400969/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:442823/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAttttttt  >  1:1020769/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAtttttt   >  1:149125/1‑61 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAtttttt   >  1:1124972/1‑61 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCAatttttt  >  1:954193/1‑62 (MQ=255) gTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCAGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTccc          >  1:892035/1‑54 (MQ=255) |                                                              GTTTGGCTTTTAATGACGGTAACGCCCGCCAGGCATAATAGCGACTCCACTCCCATTTTTTT  >  minE/1539485‑1539546

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑