Missing coverage evidence...
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TCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTA  >  minE/1565873‑1565934 |                                                              tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTgggg    >  1:658909/1‑60 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTgggg    >  1:184059/1‑60 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:275406/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:711114/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:715784/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:813104/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:415280/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:867336/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:387794/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:214854/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:191883/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:1173309/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:972967/1‑61 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:58549/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:949678/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:83435/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:972511/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:985987/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:643302/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1053242/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:410459/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1185733/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1173788/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1132174/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTa  >  1:1121896/1‑62 (MQ=255) tCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAAAGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGt   >  1:628880/1‑61 (MQ=255) |                                                              TCTTTCACCTCGACCTTATGTTCTTCAAGATAAACGCGAATGACCGCTTCGAGGCTGGGGTA  >  minE/1565873‑1565934

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑