Missing coverage evidence...
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CTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTA  >  minE/1586416‑1586477 |                                                              cTGAGAAAGAATTGCAACGGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:295122/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTaaa                          >  1:1070631/1‑38 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:974095/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:606900/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:609066/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:101202/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:239280/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:1131840/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:1060327/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAAt                       >  1:1030232/1‑41 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCg                    >  1:101882/1‑44 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCg                    >  1:138487/1‑44 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCg                    >  1:770011/1‑44 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCg                    >  1:419425/1‑44 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:495208/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:929479/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:632155/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:65084/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:699623/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:706504/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:941128/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:783722/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:787599/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:799182/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:806947/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:901447/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:580835/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:569456/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:54139/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:507571/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:456482/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:327114/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:276078/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:227641/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:14400/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:1158167/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:1135437/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:1106118/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:1038649/1‑62 (MQ=255) cTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa  >  1:1018110/1‑62 (MQ=255) |                                                              CTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTA  >  minE/1586416‑1586477

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑