Missing coverage evidence...
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AGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGTT  >  minE/1665477‑1665538 |                                                              aGGCGCCCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:519870/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCTACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:881764/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCt                            >  1:697660/1‑36 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGc                      >  1:781923/1‑42 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:783935/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:1043357/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:471148/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:502041/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:563813/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:609371/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:631425/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:710700/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:752680/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:766781/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:469242/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:799706/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:800386/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:825978/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:84207/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:91691/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:922101/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:93563/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:941061/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:969419/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:978836/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:990851/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:262575/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:1077204/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:1099260/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:1177875/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:1181876/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:121858/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:137970/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:189819/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:193730/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:221329/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:24658/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:46324/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:287310/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:306391/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:33773/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:34481/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:34740/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:405528/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:420031/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:443003/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGtt  >  1:454389/1‑62 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGt   >  1:294945/1‑61 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGt   >  1:204327/1‑61 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGt   >  1:395112/1‑61 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGt   >  1:1191428/1‑61 (MQ=255) aGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCAACAGTTTGTCGGCAGCGt   >  1:585986/1‑61 (MQ=255) |                                                              AGGCGACCTTTATAGGCTACGCGACCTTCGATACCTTCCGGCACCAGTTTGTCGGCAGCGTT  >  minE/1665477‑1665538

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑