Missing coverage evidence...
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CTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGT  >  minE/1811340‑1811401 |                                                              ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGAc          >  1:105989/1‑54 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:488032/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:993928/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:926356/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:916167/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:879381/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:653178/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:616006/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:599425/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:520215/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:498860/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:454160/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:41979/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:395317/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:252093/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:1201578/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:1152726/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:114093/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:1136956/1‑62 (MQ=255) ctaAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGt  >  1:1112575/1‑62 (MQ=255) |                                                              CTAAAGCCATATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGT  >  minE/1811340‑1811401

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑