Missing coverage evidence...
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TCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAT  >  minE/1880933‑1880994 |                                                              tCCGGCTGCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAATTCTCAAt  <  1:361696/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:642497/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:487779/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:499689/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:504479/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:541824/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:542000/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:558435/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:559708/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:564907/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:570508/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:583848/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:599803/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:458390/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:650747/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:664285/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:717371/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:735081/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:749970/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:753316/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:792962/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:845468/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:860983/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:920861/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:926068/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:983601/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1194549/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1003977/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1036437/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1050505/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1063086/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1069067/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1086737/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1086823/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1104378/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1104927/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1123306/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1148152/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1164611/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:481662/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1200826/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:137468/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:140945/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:149522/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:174452/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:194817/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:24464/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:258209/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:30298/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:359589/62‑1 (MQ=255) tCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAt  <  1:1003361/62‑1 (MQ=255) |                                                              TCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAAT  >  minE/1880933‑1880994

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑