| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 933,148 | 0 | C | . | 30.8% | 344.6 / 147.3 | 133 | coding (645/3048 nt) | fdnG | formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (92/0); new base . (0/41); total (92/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-35 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GGTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGC > minE/933134‑933204 | ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACg > 1:618888/1‑37 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGc > 1:523285/1‑60 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGc > 1:156309/1‑60 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:363631/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:524943/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:514813/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:497364/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:473299/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:410463/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:369220/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1007406/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:571998/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:339086/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:337528/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:333323/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:298066/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:291762/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:289721/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:288422/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:233015/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:718889/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:990555/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:926300/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:918557/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:849454/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:816997/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:792917/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:787142/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:745138/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:368360/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:714182/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:700345/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:698748/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:672713/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:661359/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:633513/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:60270/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:596716/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:223781/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1010244/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1016781/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1026952/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:104123/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1068021/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1070210/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1103186/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1108767/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1127991/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:114810/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1149262/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1163755/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:1167572/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:147003/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:198316/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:151972/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:186476/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:153285/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCg > 1:160637/1‑61 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAAAGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGc > 1:654753/1‑60 (MQ=255)ggTGCGATGACCAACCACTGCGTGGATATCaaaaa > 1:212364/1‑35 (MQ=255)ggTGCGATGA‑CAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGt > 1:1102880/1‑62 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACTCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:307834/62‑1 (MQ=25) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1028597/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:706376/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1072106/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:298929/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:763261/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:763873/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1034681/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:231231/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:821377/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:836101/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:856775/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:863337/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:874117/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:918109/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1022019/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:961228/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1090345/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:440347/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:458867/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:121908/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:497774/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:502797/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:512900/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1150684/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:530324/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:55251/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:593786/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:599364/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1117390/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:187619/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:311918/62‑1 (MQ=255) gACCAA‑CACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:1084717/62‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:188763/61‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:116707/61‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:888155/61‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:63418/61‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:132762/61‑1 (MQ=255) accaa‑cacTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACgctgc < 1:377843/61‑1 (MQ=255) | GGTGCGATGACCAACCACTGGGTGGATATCAAAAACGCTAACGTCGTGATGGTGATGGGCGGTAACGCTGC > minE/933134‑933204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |