Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,207,396	G→T	L133L (CTG→CTT)	manY →	mannose‑specific enzyme IIC component of PTS

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,207,396	0	G	T	100.0%	148.2 / NA	45	L133L (CTG→CTT)	manY	mannose‑specific enzyme IIC component of PTS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base T (0/45);  total (0/45)

CAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTGACAGCGATTTCCTGGATCCAC  >  minE/1207358‑1207417                                       |                      cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:743386/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:1019918/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:474301/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:483546/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:492438/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:512940/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:513680/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:52890/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:662650/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:706296/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:722034/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:474068/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:773340/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:782063/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:826417/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:836118/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:844999/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:853126/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:945452/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:989093/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:99162/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:263366/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:108533/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:1127376/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:1139466/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:1145242/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:1155126/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:129137/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:131384/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:23722/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:237581/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:237812/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:462831/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:270873/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:301872/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:313216/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:3337/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:355113/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:393751/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:427923/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:430701/60‑1 (MQ=255) cAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:453466/60‑1 (MQ=255)  aGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:660984/59‑1 (MQ=255)  aGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:898094/59‑1 (MQ=255)          gCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTTACAGCGATTTCCTGGATCCAc  <  1:631692/51‑1 (MQ=255)                                       |                      CAGCACGCTGCGGATAAGGCTGCTGATAACGGCAACCTGACAGCGATTTCCTGGATCCAC  >  minE/1207358‑1207417

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑