| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 717,760 | C→T | L43L (CTG→TTG) | mviM → | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 717,760 | 0 | C | T | 83.3% | 435.4 / 74.3 | 180 | L43L (CTG→TTG) | mviM | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/30); new base T (0/150); total (0/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC > minE/717723‑717818 | gTTACAAGGAGCCTGGTCGCTTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:249951/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:633914/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:759623/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:300243/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:768581/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:252974/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:230496/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:197402/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:812925/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:661270/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:12045/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:647644/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:612043/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:456670/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:552455/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:55944/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:534466/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:51379/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:577354/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:1002653/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:93796/62‑1 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gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1034493/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1013040/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1005634/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:404589/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:50/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:488896/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:480789/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:442744/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:425392/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:423164/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:420428/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:413519/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:407769/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:40477/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:550891/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:398840/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:38198/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:362377/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:341270/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:334717/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:327178/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:283938/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:26452/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:240238/62‑1 (MQ=255) | GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC > minE/717723‑717818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |