| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 717,774 | A→C | E47D (GAA→GAC) | mviM → | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 717,774 | 0 | A | C | 83.9% | 556.8 / 64.7 | 186 | E47D (GAA→GAC) | mviM | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/30); new base C (0/156); total (0/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC > minE/717723‑717818 | gTTACAAGGAGCCTGGTCGCTTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:249951/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:252974/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:790587/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:127622/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:197402/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:647644/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:633914/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:768581/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:92245/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:456670/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:93796/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:938154/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:1002653/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:55944/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:552455/62‑1 (MQ=255)gTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:51379/62‑1 (MQ=255) ggTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCa < 1:1193813/48‑1 (MQ=255) gCCTTGTCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:355580/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCATTTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:546272/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCTGCCTTgccgc < 1:1076874/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:741901/62‑1 (MQ=255) 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gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1005634/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:40477/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:50/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:488896/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:480789/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:442744/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:425392/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:421684/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:420381/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:410719/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:407769/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:403480/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:395712/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:363568/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:340415/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:334717/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:318491/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:284290/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:277959/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:240238/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:236440/62‑1 (MQ=255) gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGATATCCAGCCTTgccgc < 1:611588/62‑1 (MQ=255) ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:530131/58‑1 (MQ=255) ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1080588/58‑1 (MQ=255) | GTTACAAGGAGCCTGGTCGCCTACGCGCGCGAAAGCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGC > minE/717723‑717818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |