| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 717,795 | C→T | A54A (GCC→GCT) | mviM → | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 717,795 | 0 | C | T | 79.6% | 432.0 / 102.6 | 201 | A54A (GCC→GCT) | mviM | predicted oxidoreductase, NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/31); new base T (0/160); total (10/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGCACC > minE/717757‑717852 | gCCTTGTCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:355580/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:50/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:738398/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:700179/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:696479/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:652246/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:634224/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:62323/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:591579/62‑1 (MQ=255)gCCTTGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:586079/62‑1 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ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:1042969/58‑1 (MQ=255) ccttGCCAATTTGTGACAGCTGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:530131/58‑1 (MQ=255) tgACAGCTGGCGCTTTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:597573/48‑1 (MQ=38) tGGCGCATTCCTTATGCTGATTCGTTATCCAGCCTTgccgc < 1:705986/41‑1 (MQ=255) tGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCAt > 1:692062/1‑52 (MQ=255) tGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGCAcc > 1:950509/1‑61 (MQ=255) tGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGCAca > 1:113227/1‑60 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:1158619/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:980469/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:32935/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:292277/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:988891/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:520947/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:1152426/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:805207/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:794414/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:553515/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:1203004/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:555849/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:584813/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:149826/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:686485/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:669332/57‑1 (MQ=255) gCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGc < 1:612490/57‑1 (MQ=255) | GCCCTGCCAATTTGTGAAAGCTGGCGCATTCCTTATGCCGATTCGTTATCCAGCCTTGCCGCCAGTTGCGATGCGGTTTTTGTGCATTCCAGCACC > minE/717757‑717852 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |