Missing coverage evidence...
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CGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTGCAG  >  minE/1990281‑1990343                                                             |   cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3742/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2779443/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2805069/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2967521/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2969846/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3023935/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3031138/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3089167/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:322388/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3234877/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:3260425/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:346722/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2731752/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:374939/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:381972/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:44711/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:466475/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:616342/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:673895/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:807511/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:851697/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:856698/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:939492/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1957287/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1095203/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1268632/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1449225/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:145159/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1501909/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1535340/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:155268/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1672953/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1816512/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:1827312/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:106855/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2069907/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:208420/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2176119/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2210412/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:227881/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2285725/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2497434/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2571502/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2652138/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTgc    >  1:2689193/1‑61 (MQ=255) cGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGG‑AACCTTTGAGGAAGTTgcag  >  1:1543394/1‑62 (MQ=255)                                                             |   CGGCACAACAAGTGGCGACCTTACACGGCGGTAAATTCCCGGAAACCTTTGAGGAAGTTGCAG  >  minE/1990281‑1990343

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑