Missing coverage evidence...
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CCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCC  >  minE/2068197‑2068258                                                              | cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCTGATcc  <  1:401727/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:763125/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1004558/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:3220968/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:497491/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:514951/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:583378/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:657786/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:70990/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:3145780/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:763196/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:815295/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:825853/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:827716/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:883999/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:912293/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:975901/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2249529/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1120594/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1237299/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1438335/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1755924/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1800066/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:1949056/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2024068/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2128903/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:3054690/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2345966/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2349802/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2547154/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2783119/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:2990651/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCAGGATcc  <  1:2329708/62‑1 (MQ=255) cccGCAGGCCTGATAAGAAGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCGCCAACCGCCGGATcc  <  1:1726061/62‑1 (MQ=21)  ccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:749074/61‑1 (MQ=255)    gCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:3222754/59‑1 (MQ=255)                      gcCAGCATCGCATCAGGCTTTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:331362/41‑1 (MQ=255)                        cAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATcc  <  1:310015/39‑1 (MQ=255)                                                              | CCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCC  >  minE/2068197‑2068258

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑