Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2112161	2112183	23	34 [0]	[0] 2	agaI/yraH	galactosamine‑6‑phosphate isomerase/predicted fimbrial‑like adhesin protein

CACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGT  >  minE/2112106‑2112160                                                       | cacCTAACCAGATGAAATATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1832380/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:588593/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2835019/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2870345/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:3171464/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:3236786/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:3286708/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:353519/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:462280/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:500689/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2774759/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:633779/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:671094/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:684071/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:727683/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:793872/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:857311/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:859887/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1030161/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2687352/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2675277/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2656139/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2263362/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2191718/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2191087/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2133798/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1969222/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1903398/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1602704/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1542356/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1413761/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1372996/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:1217967/1‑55 (MQ=255) cacCTAACCAGATGAAAAATTTGATCAAAAAGTTTAAATTAACTTATGTAACAGt  >  1:2215740/1‑55 (MQ=39)                                                       | CACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGT  >  minE/2112106‑2112160

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑