Missing coverage evidence...
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TTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTC  >  minE/2168152‑2168212                                                             | tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCCCGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2520093/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGTTc  >  1:1495351/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:3173726/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2466814/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2620417/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2642534/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:271820/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2718559/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2740320/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2870771/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2933356/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2935327/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2984742/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:3041855/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2405991/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:3216671/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:533471/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:682541/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:74668/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:820419/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:823426/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:846353/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:904828/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:916910/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:947727/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:95168/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1756471/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1080437/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1108961/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1128154/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:112963/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1249860/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:13733/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1412123/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1426274/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1464196/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1532410/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:16353/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1643705/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1010242/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:176781/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1773410/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1806298/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1846599/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1954226/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1956820/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:198244/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:1988744/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2080037/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2250395/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:2328701/1‑61 (MQ=255) tttCGTGGTTGACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTc  >  1:3035703/1‑61 (MQ=255)                                                             | TTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCACGTTTGATAAGGATAAAATCCCGACATGGTC  >  minE/2168152‑2168212

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑