Missing coverage evidence...
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AGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAACC  >  minE/2221573‑2221634                                                              | aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGTGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1202310/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:3011851/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1080213/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2411680/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2486422/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2487762/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2529910/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2533647/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2611864/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2673365/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2683721/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2813083/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2390023/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:3098605/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:354279/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:397691/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:521704/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:726096/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:828685/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:901696/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:990129/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1515576/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1132526/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1239415/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1246446/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1271920/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1288676/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1392416/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1414157/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2335077/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:155048/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1711421/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1761186/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:181339/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1958678/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:199921/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2047659/62‑1 (MQ=255) aGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGCTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2150176/62‑1 (MQ=255)  gCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:2411199/61‑1 (MQ=255)       cGTCCCTTGCGTACCGTGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:20481/56‑1 (MQ=255)        gTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:456809/55‑1 (MQ=255)          cccTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1244225/53‑1 (MQ=255)              tGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:1443717/49‑1 (MQ=255)                          tCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAAcc  <  1:685696/37‑1 (MQ=255)                                                              | AGCGGGCGTCCCTTGCGTACCGGGTTCTGACGGCCCGCTGGGCGACGATATGGATAAAAACC  >  minE/2221573‑2221634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑