Missing coverage evidence...
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CTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGT  >  minE/2222876‑2222937                                                              | cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:1240765/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:917989/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:878682/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:396650/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:3180635/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:3175339/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:3090940/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:3067425/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:302088/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2663605/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2611579/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2524629/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2389085/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2045477/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:163965/62‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:1476974/62‑1 (MQ=255)  tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2841646/61‑1 (MQ=255)  tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2851847/61‑1 (MQ=255)  tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:3093286/61‑1 (MQ=255)  tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:1764701/61‑1 (MQ=255)  tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:1175310/61‑1 (MQ=255)    gaggaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:2618550/59‑1 (MQ=255)       gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt  <  1:40058/56‑1 (MQ=255)                                                              | CTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGT  >  minE/2222876‑2222937

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑