Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2252735	2252739	5	49 [0]	[0] 16	htrC/rpoC	heat shock protein/RNA polymerase, beta prime subunit

AGTTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTC  >  minE/2252673‑2252734                                                              | agtTTCATGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2835859/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTGATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2092030/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:3272384/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2716603/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2720224/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2733824/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2747620/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2773704/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2800923/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2879576/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:29327/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2984079/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:3137030/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2634746/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:462166/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:524651/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:526561/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:583508/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:70208/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:737280/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:781466/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:852083/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:885196/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:979978/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:991971/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:100154/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1015907/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1017396/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1069790/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1105244/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1205523/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:121153/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1217776/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1275876/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:129820/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1448439/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1463791/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1568193/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:15806/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1603135/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2190392/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2235909/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2244711/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2298738/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2408129/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2488980/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2610616/62‑1 (MQ=255) agtTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:2639409/62‑1 (MQ=255)   tttCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTc  <  1:1483975/60‑1 (MQ=255)                                                              | AGTTTCAGGATATTAGTCATCTCTACATTGATTATGAGTATTCAGAAATTCCTTAAATATTC  >  minE/2252673‑2252734

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑