Missing coverage evidence...
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CATAGCCGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGC  >  minE/2278025‑2278086                                                              | catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCTCGCCATAAAGc  <  1:1543764/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAGGc  <  1:1092174/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2437927/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:923339/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:25567/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2701155/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2775228/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2787266/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2822197/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2937051/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:295325/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:3071935/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:3156804/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:48493/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:487770/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:921255/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1087720/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2304367/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2174697/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2151978/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2148406/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1893385/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1804038/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1774444/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1366773/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1288559/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:126032/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1251553/62‑1 (MQ=255) catagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1169128/62‑1 (MQ=255)  atagccGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:1949641/61‑1 (MQ=255)                    gCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGc  <  1:2197888/43‑1 (MQ=255)                                                              | CATAGCCGCGCACAAAGCCGCTCCAGGCATCAGTAAAGTTATGCTCCAGCGCGCCATAAAGC  >  minE/2278025‑2278086

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑