Missing coverage evidence...
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CTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGC  >  minE/2290342‑2290403                                                              | cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCATTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:192837/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1795105/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2446456/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2803108/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2431757/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2117172/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2058606/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1955480/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1890894/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:3046429/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1576957/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1558718/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1565569/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1516778/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:122772/62‑1 (MQ=255) cTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:590178/62‑1 (MQ=255) cTGTGCGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2129652/62‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1001661/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2483491/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2632613/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:622599/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2805098/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:601889/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2806496/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:3002411/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:511732/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:311620/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:886131/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:3015506/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2443441/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2433593/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2432644/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2063841/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1994322/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1783445/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1767337/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1471489/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1444053/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1359747/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1333170/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1289268/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:1128356/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGGGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:2383060/61‑1 (MQ=255)  tgtgGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGGGTGGCATGGGTATTATCGc  <  1:424557/61‑1 (MQ=255)                                                              | CTGTGGGAACCGCTCTACGCTTGCTACCAGTCACTTCAGGCGTGTGGCATGGGTATTATCGC  >  minE/2290342‑2290403

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑