Missing coverage evidence...
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CAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCGAT  >  minE/2376292‑2376353                                                              | cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:660879/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1021527/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2779565/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2796033/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2809638/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2813810/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2844307/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2873100/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:3282574/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:47604/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:2035527/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:676682/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:863683/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:865857/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:887134/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:889950/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:905528/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:929788/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:945757/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:981075/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1570587/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1154366/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1178503/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1235369/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1253526/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1264767/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1418929/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1424781/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1504691/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1547416/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1951267/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1577018/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1608002/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1641055/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1662524/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:166444/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1879772/62‑1 (MQ=255) cAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:1897286/62‑1 (MQ=255)      cGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGGCGTTGCGGCCCCAGAACGACGTGGCCgat  <  1:2679889/57‑1 (MQ=39)                tttACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:933966/47‑1 (MQ=255)                       ccACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCgat  <  1:186961/40‑1 (MQ=255)                                                              | CAGCCCGCTACCGTTTTTACCGCCACAGGCAGTCGTTGCGGCCCCAGAACGACGAGGCCGAT  >  minE/2376292‑2376353

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑