Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2380165	2380283	119	73 [0]	[0] 23	rmuC	predicted recombination limiting protein

CCAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATC  >  minE/2380103‑2380164                                                              | ccgaTCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2594973/4‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGGTTGCTGGCACGATc  >  1:2256877/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:3216618/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:3241636/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:3162753/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:3149629/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:3083124/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:301248/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2987608/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2941584/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2916797/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2875149/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2853314/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2776590/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2757162/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2752047/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:270401/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2688895/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2638920/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:826357/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:988456/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:986093/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:971643/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:963853/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:923299/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:906375/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:877908/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:873212/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2556420/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:783600/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:770776/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:755243/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:752166/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:497715/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:484244/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:450994/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:440301/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1320469/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1804223/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1027640/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1605822/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1595422/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1579429/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1480137/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:143500/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1399661/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1654919/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1271400/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1235905/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1201550/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1185521/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1094422/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1088919/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1075430/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2148814/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2480470/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2462192/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2461990/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2406174/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2370348/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:233427/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2250945/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2221409/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2214844/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1876946/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2134525/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2068370/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2058156/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:2004149/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1919293/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTAGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:149944/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCGGACATGTCATCGATGAAAAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:511257/1‑62 (MQ=255) ccAATCGCCGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATc  >  1:1599572/1‑62 (MQ=255)                                                              | CCAATCGCGGACATGTCATCGATGAACAAACGCATCTTGTCGTACAGCTTGCTGGCACGATC  >  minE/2380103‑2380164

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑