Missing coverage evidence...
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ATCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGC  >  minE/2426475‑2426528                                                      | aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2939434/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1018240/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2584780/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2725279/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:275745/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2760245/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2765390/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2827112/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2836542/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2852712/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2855811/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:291015/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2472977/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2964758/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2987504/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:3023780/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:3052907/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:326654/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:547865/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:700962/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:740272/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:91001/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:926876/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1590253/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1039083/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1046459/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1139834/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1208102/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1219914/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:122640/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1256767/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1292958/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1474049/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2426605/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:161559/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1838499/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:184836/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:1997261/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2036669/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:204399/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2055227/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2266205/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2270635/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:230757/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCCCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:713594/54‑1 (MQ=255) aTCGTTCACTTCGCGCCCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:3202053/54‑1 (MQ=255)                    gTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGc  <  1:2390747/35‑1 (MQ=255)                                                      | ATCGTTCACTTCGCGCGCGGTACGGATAAGCCGCGCCTGCTGGGGGTTCTGTGC  >  minE/2426475‑2426528

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑