Missing coverage evidence...
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TTCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACG  >  minE/2442902‑2442962                                                             | ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2395113/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:698850/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:656824/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:561393/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:348823/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:3203526/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:3047081/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2905975/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2824051/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2687130/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2590145/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1056723/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2235514/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2163979/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:2120413/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1928574/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1730330/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1554943/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:145439/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCCGAAGACGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1560493/1‑61 (MQ=255) ttCGCCGCAGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1454871/1‑61 (MQ=255)            aGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACg  >  1:1622386/1‑50 (MQ=255)                                                             | TTCGCCGCCGAAGCCGCGCACCGCGTCGACTTTGATGTCGGCGGTGGCGGTTGGCATAACG  >  minE/2442902‑2442962

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑