Missing coverage evidence...
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CAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATC  >  minE/2531918‑2531978                                                             | cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCCCCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:46171/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCCCCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1913395/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCCACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:357728/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2758475/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2713942/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2823609/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2912566/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2991500/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:303186/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:3210499/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:3226299/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:3249644/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:405461/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:500830/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:570578/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:593400/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:612011/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:660043/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:67796/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:746590/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2641856/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1180517/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1307069/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:132705/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1355385/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1436685/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1447358/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:163322/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1642120/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1892532/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2094772/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2101967/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2454142/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2501077/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2576972/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:2634097/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1135148/1‑61 (MQ=255) cAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACAACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATc  >  1:1752467/1‑61 (MQ=255)                                                             | CAGCTTCCAGCGGATTATGCCCACCACGTTCAACCAGTGAACCGCCAACAAAGGCGAGATC  >  minE/2531918‑2531978

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑