Missing coverage evidence...
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CTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCGG  >  minE/2619461‑2619522                                                              | cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:3175289/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1034823/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2386378/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2492371/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2514390/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2546100/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2866778/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:3003194/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:3100940/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2260423/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:3178008/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:386266/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:48115/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:553792/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:646294/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:654081/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:843877/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:882998/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1723367/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1120750/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1124728/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1168351/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1226475/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1297884/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1303091/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1597208/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2162541/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1894605/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1901828/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1946860/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2052693/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2067806/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:2137245/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTATAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1931850/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCGCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:3198783/62‑1 (MQ=255) cTGTTCCAGCGCCGCGCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:655408/62‑1 (MQ=255)             cgcTCCGCCTTTAATCACCTCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCgg  <  1:1916345/50‑1 (MQ=255)                                                              | CTGTTCCAGCGCCGCTCCGCCTTTAATCAACGCCCCACGACGCGCTGCCGCCGCCAGCCCGG  >  minE/2619461‑2619522

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑