Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2662162	2662170	9	24 [0]	[0] 2	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

ACAAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAA  >  minE/2662101‑2662161                                                             | acaAACGCTCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1063901/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2419561/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:986032/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:634344/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:477549/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:432045/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:3209843/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:297714/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:29006/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2733815/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2527006/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2497198/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2457076/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2402732/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:2002505/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1872672/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:163248/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1603518/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1551321/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1550308/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1511888/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1495772/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1455989/1‑61 (MQ=255) acaAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGaa  >  1:1245804/1‑61 (MQ=255)                                                             | ACAAACGCGCCGCTAAACTGATGCCGCGCCTGTTTTAACTCTAAGATGCGTCGCGCCAGAA  >  minE/2662101‑2662161

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑