Missing coverage evidence...
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GTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAT  >  minE/2730433‑2730494                                                              | gTAAAGGCAACGGCTGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:976801/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2880103/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2757686/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2965111/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2979991/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3039216/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3111250/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3167795/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:320034/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3259418/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3297213/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:359972/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:544946/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:598966/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:645425/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:77821/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:782130/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:839378/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:962991/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:973044/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2183340/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:1359144/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:1466537/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:1652601/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:1890025/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:1908996/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2119092/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2122988/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2129006/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2133163/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:104449/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2445207/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2455101/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2530468/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2570457/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2721830/62‑1 (MQ=255) gTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2744383/62‑1 (MQ=255)  tAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGTCAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2697510/61‑1 (MQ=255)  tAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2160009/61‑1 (MQ=255)  tAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:3122467/61‑1 (MQ=255)                         gcCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAt  <  1:2292430/38‑1 (MQ=255)                                                              | GTAAAGGCAACGGCGGTTGCGGTTGCCACTAATACCGAAAAAGTGACAAAAAAGCGGGGAAT  >  minE/2730433‑2730494

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑