Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2808267	2808320	54	72 [0]	[1] 98	[aphA]	[aphA]

GGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAT  >  minE/2808205‑2808266                                                              | ggaaGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:886685/4‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCCCAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2833864/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTGAACAt  >  1:3212620/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCGACAt  >  1:1430648/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2970615/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3143938/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3137217/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3118571/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3031200/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3018380/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:301274/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3006694/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2718492/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2886069/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2877806/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2831725/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2768346/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:274646/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2722112/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2652851/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:71836/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:982643/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:929630/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:90191/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:892459/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:885816/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:865276/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:837553/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:780362/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3178836/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:708947/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:583399/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:531736/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:425861/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:336059/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:3213212/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:318194/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1130250/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1424321/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1409623/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1281858/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1262503/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:122441/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1213949/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1207379/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1149219/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1530395/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1125927/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1106235/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1076148/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:107572/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1072286/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1050867/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:105052/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1042212/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2052646/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2634521/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2406817/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2402959/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2299516/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2195711/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2174895/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2151122/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2131443/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:103795/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2051929/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:2006601/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1991951/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1949769/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1875353/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1774269/1‑62 (MQ=255) ggCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAt  >  1:1733643/1‑62 (MQ=255)                                                              | GGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACAT  >  minE/2808205‑2808266

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑