Missing coverage evidence...
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GCGGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGT  >  minE/2863003‑2863064                                                              | gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGCCCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:3125663/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2915907/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:978266/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:914723/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:87066/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:816696/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:658219/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:5908/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:546111/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:536330/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:517271/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:361414/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:3166583/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:3099651/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2974729/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2971046/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1000437/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2740039/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2728079/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:270575/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2686798/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:2605234/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:212339/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1846948/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1822088/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1605977/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:157141/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1344753/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1328456/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1321033/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1045327/1‑62 (MQ=255) gcgGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGt  >  1:1036639/1‑62 (MQ=255)                                                              | GCGGCAGACCAGTTGTTTGCCACCCTCGACCCGACGTTGCGGCGTATTGACGTTGCAGATGT  >  minE/2863003‑2863064

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑