Missing coverage evidence...
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CATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAG  >  minE/2904212‑2904273                                                              | caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:495255/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2568487/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2691105/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2768948/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2973957/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:3093675/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:3168459/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:3185075/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:465878/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:468036/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2557428/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:518202/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:609337/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:628042/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:641180/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:677279/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:756376/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:885864/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:895315/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:191401/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1083149/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1116579/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1298004/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1337892/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1480486/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:170256/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1786508/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1788738/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:1842639/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:101844/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:195298/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2048347/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2341028/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2385233/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2387111/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2469321/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2511796/1‑62 (MQ=255) caTATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAg  >  1:2538192/1‑62 (MQ=255)                                                              | CATATTGGGTTGGGACGCATTTTAAAGTCTATATATAGTGCTTTGCATCAAGGATGTTTGAG  >  minE/2904212‑2904273

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑