Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	313299	313309	11	59 [0]	[0] 44	acrA	multidrug efflux system

CGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGT  >  minE/313240‑313298                                                           | cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3123753/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2394574/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2565946/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2585452/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2647841/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2713718/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:276324/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2803052/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2840047/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2867180/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2869029/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2976704/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3088962/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3105486/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3119091/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2386299/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3194717/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:376108/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:385374/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:435526/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:601437/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:672220/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:674656/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:761445/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:791302/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:845565/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:893973/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:899167/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:995904/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1681004/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1154248/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1161852/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1182408/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1185629/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1365670/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:137576/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:140180/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1405617/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1480477/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1515957/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1566277/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1624427/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:163313/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1656363/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1014329/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1687261/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1870877/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:192180/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1954679/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1967154/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2000430/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2115695/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2124531/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2226257/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:2328106/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCAAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1702773/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACACAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:3069411/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGAAAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1951047/1‑59 (MQ=255) cGGGTTCGGGAAGAAAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGt  >  1:1954783/1‑59 (MQ=255)                                                           | CGGGTTCGGGAAGATAGCGCGTAGGGTGATAGACCCAGTGGTCTGATCAACGGTAACGT  >  minE/313240‑313298

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑