Missing coverage evidence...
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CTCTACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCGG  >  minE/341441‑341501                                                             | ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCGTTAAGCAACCATGCgg  <  1:216808/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2431438/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:962784/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:911510/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:802351/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:623918/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:555898/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:51051/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:3613/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:3155281/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2624211/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2580800/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2563492/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2540016/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2521184/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1260266/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2358590/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2289263/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2261479/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2121051/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2048591/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:204405/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1839310/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1828880/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1769958/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1586483/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1478556/61‑1 (MQ=255) ctctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:1455041/61‑1 (MQ=255)  tctACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCgg  <  1:2528591/60‑1 (MQ=255)                                                             | CTCTACGCGTTGGGGATCATTGCGGTGATGACGCTTTTCAACTCCTTAAGCAACCATGCGG  >  minE/341441‑341501

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑