Missing coverage evidence...
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TTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGG  >  minE/342134‑342195                                                              | tttGTGGTGGCGATCCTCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1672970/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2656917/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:839462/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:802068/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:708461/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:630202/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:548675/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:316691/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2945829/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2891033/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2806662/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2749963/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1002560/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1252164/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2109624/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1262595/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2040947/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2007286/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1916049/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1883403/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1439120/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1811361/62‑1 (MQ=255) tttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1506645/62‑1 (MQ=255)  ttGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2639866/61‑1 (MQ=255)  ttGTGGGGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2712167/61‑1 (MQ=255)   tgtgGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:428801/60‑1 (MQ=255)    gtggtgGCGATCCGCCTGGGTCATGTTATTCTCGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:482930/59‑1 (MQ=255)            gATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:3164901/51‑1 (MQ=255)                          aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:1634707/37‑1 (MQ=255)                          aTGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTgg  <  1:2403832/37‑1 (MQ=255)                                                              | TTTGTGGTGGCGATCCGCCTGCGTCATGATATTCACGCCTCGTTGCCGATTCTTATCGTTGG  >  minE/342134‑342195

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑