Missing coverage evidence...
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ATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATT  >  minE/372936‑372998                                                             |   aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGGAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:360169/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2659154/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:996017/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:862617/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:72190/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:544610/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:511184/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:505335/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:500180/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:3224636/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:3183369/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:3176740/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:3156629/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:3019210/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2864636/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2663848/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1005422/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2396475/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2375012/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2374598/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:2307459/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1928951/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1904348/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1818288/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1731802/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1712761/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1437858/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:1382155/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGa    >  1:131656/1‑61 (MQ=255) aTTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTGATTTGTTTGa    >  1:194332/1‑61 (MQ=255)  ttAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGAtt  >  1:1604370/1‑62 (MQ=255)                                                             |   ATTAATATTATTTATAAACCCATAATTACAGAAAATAATTATGGGTTTTTTATTTGTTTGATT  >  minE/372936‑372998

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑