Missing coverage evidence...
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GTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGA  >  minE/533925‑533986                                                              | gTTGATGTGCTGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:337088/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1204723/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:929743/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:820770/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:668118/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:61028/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:552750/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:464785/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:375285/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:3022710/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:3014901/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2915541/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:288112/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:284664/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2642085/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2598297/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1417901/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2460216/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2385402/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2192154/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1991945/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1016916/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:127538/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1764529/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1316443/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1644505/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2496302/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1606607/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1573775/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:152136/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGCAAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:766763/62‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCACCAAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:1675465/62‑1 (MQ=255)  ttGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:368866/61‑1 (MQ=255)  ttGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:98938/61‑1 (MQ=255)            gCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:722285/51‑1 (MQ=255)            gCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:779166/51‑1 (MQ=255)               aaaaTTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:564315/48‑1 (MQ=255)                aaaTTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:3001888/47‑1 (MQ=255)                aaaTTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2624565/47‑1 (MQ=255)                  aTTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:3207788/45‑1 (MQ=255)                   ttCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCga  <  1:2983632/44‑1 (MQ=255)                                                              | GTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTCAACGCCGGAAGTCGGTTCGTCGA  >  minE/533925‑533986

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑