Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	540934	540988	55	31 [0]	[0] 17	rhtA	threonine and homoserine efflux system

AGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGC  >  minE/540872‑540933                                                              | aGACGCAGCGCAGTTACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:61422/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGAGTTAGCTAACGAGGc  <  1:1121894/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2520641/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:770678/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:725020/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:695493/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:675151/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:588292/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:522278/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:392730/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:373398/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:3044214/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:3014456/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:295315/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2865320/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2854295/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2454268/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2111316/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2080398/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2048430/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1899516/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1589444/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1506327/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1412220/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1348108/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1219548/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1191711/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCAACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:471903/62‑1 (MQ=255) aGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCG‑CCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2435641/61‑1 (MQ=255)  gACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:1340019/61‑1 (MQ=255)               gACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGc  <  1:2144666/48‑1 (MQ=255)                                                              | AGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGC  >  minE/540872‑540933

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑