Missing coverage evidence...
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CCGGTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCG  >  minE/564173‑564236                                                                | ccGGTTTGTCGATAAATACCCAGTT‑‑CGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1611221/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2773693/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1797672/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1950885/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1950971/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2087236/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2260859/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2362063/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2447658/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2503387/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2648493/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1186029/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:2937967/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:3072903/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:3286247/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:369348/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:519052/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:606172/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:720738/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:755292/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:945621/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:949657/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1599496/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1018005/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1190750/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1206787/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1346134/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1387797/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1435234/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1447891/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1564784/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1775196/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1623675/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1628570/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:167267/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1726577/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1733073/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1749672/62‑1 (MQ=255)   ggTTTGTCGATAAATACCCACTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1690102/62‑1 (MQ=255)    gTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:246273/61‑1 (MQ=255)    gTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1479156/61‑1 (MQ=255)    gTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1772670/61‑1 (MQ=255)    gTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:180636/61‑1 (MQ=255)     tttGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1980476/60‑1 (MQ=255)                             gCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:3072826/36‑1 (MQ=255)                             gCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCg  <  1:1299409/36‑1 (MQ=255)                                                                | CCGGTTTGTCGATAAATACCCAGTTCACGCAGATTTTTGCCGTCGGTCCAGGCCACCAGTTCCG  >  minE/564173‑564236

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑