Missing coverage evidence...
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GATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGCGTCGT  >  minE/642896‑642957                                                              | gagcGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:312989/59‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGGCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2141054/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1182674/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:793802/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:750306/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:723793/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:681089/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:651732/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:468445/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:433010/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:39733/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2986966/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2940168/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2656622/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2580865/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2557142/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2465638/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2109237/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:205999/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2032083/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1957104/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1898147/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1894161/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1498387/62‑1 (MQ=255) gATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1144404/62‑1 (MQ=255)  aTCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:692076/61‑1 (MQ=255)      gCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:999818/57‑1 (MQ=255)                   ggTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:1389828/44‑1 (MQ=255)                          ccGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGcgtcgt  <  1:2481076/37‑1 (MQ=255)                                                              | GATCGGCGTAGCGTTACGGGTTTCACCGTAGTTCGCTGCCAGGTAGATGTTGTTCGCGTCGT  >  minE/642896‑642957

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑