Missing coverage evidence...
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CTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGG  >  minE/669582‑669630                                                 | cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2934671/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2390821/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1112199/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2446969/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2571034/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2614529/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2647138/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2686765/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2714393/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2720217/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2895076/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2419978/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:3123113/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:317162/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:43405/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:455122/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:469090/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:523449/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:618152/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:841720/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:864115/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:998783/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1821252/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:11992/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:122375/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1227973/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1326684/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1551209/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1559205/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1615165/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1631799/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1718645/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2388759/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1831276/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:1989606/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2003893/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2013444/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2061175/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2112278/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2199505/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2238790/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2295156/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:230178/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGGCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:2936879/49‑1 (MQ=255) cTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGGCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:641977/49‑1 (MQ=255)            cGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTgg  <  1:3143659/38‑1 (MQ=255)                                                 | CTGTTATGGAGCGAAGGCTCTTATCCCGTCGCTGCGGTGATCTTTCTGG  >  minE/669582‑669630

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑