Missing coverage evidence...
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TGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAT  >  minE/1001974‑1002036                                                               | tGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATT‑ACGCAGTTAt  <  1:2505024/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:3146471/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2641261/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1025089/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2757653/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2761710/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2781821/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2945110/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:3065221/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:3126299/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2687953/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:3218875/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:342673/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:400873/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:519676/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:52627/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:678338/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:704453/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:939285/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2553618/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1064779/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1073339/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1242322/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1715174/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1853114/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1994828/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:206231/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2184849/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2360481/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2466217/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2492231/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2496038/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2553641/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACAAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2997847/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTCCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:3216109/62‑1 (MQ=255)  ggCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACATTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:2967598/62‑1 (MQ=255)   gcgcATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1505522/61‑1 (MQ=255)   gcgcATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1322628/61‑1 (MQ=255)   gcgcATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:1304705/61‑1 (MQ=255)   gcgcATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:894871/61‑1 (MQ=255)                      aCGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAt  <  1:857202/42‑1 (MQ=255)                                                               | TGGCGCATTATATTGATCCGAACGCGGCGATGACGTTGCTCACCAACTTATTGACGCAGTTAT  >  minE/1001974‑1002036

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑